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いずれも陽明門内にある建物で、国の重要文化財。神楽殿は和様、上社務所は禅宗様、神輿舎はその折衷の様式であると言われている。
神輿舎は西回廊に接していて、背面の柱は回廊の柱と兼用になっている。構造は3間四方の入母屋造りで、内には3基の神輿が納められている。天井は鏡天井で狩野派の天女奏楽図があり、その下で手を打つと鳴き竜と同じ反響がきこえる。
神楽殿は神輿舎とは対象的な位置にあり、大きさもほぼ同じで3間四方。建物の正面内部は前方の舞台と後方の楽屋に分かれ、昔時八乙女が神楽を奏した。
上社務所はもとは護摩堂と呼ばれ、日光門主が天下泰平の護摩修法を行なった所。3間四方の建物で、神輿舎・神楽殿よりやや大きい。内部の奥には須弥壇が設けられ、背後の壁には松と梅の壁画が描かれている。現在は祈祷殿として使用している。